Сергей Викторович Барабанов (СВ для выпускников) активно участвовал в реализации этого проекта и стал первым руководителем ММФ.
Кроме «аудиторного» образования СВ, заложил основы многих других направлений – это и научная работа, и полевые выезды, ставшие для многих ребят тем сдруживающим фактором, который навсегда остался в памяти и создал сплочённое сообщество выпускников ММФ.
Параллельно учебной работе, в том же проекте была создана медико-биологическая олимпиада старшеклассников Санкт-Петербурга «Человек и его здоровье» (ныне – открытый региональный конкурс «Санкт-Петербургская медико-биологическая олимпиада школьников»).
В 2004-2007 годах ММФ развивался очень активно: возросло число групп, появились новые формы работы: изучение биологии и химии в формате подготовки к вступительным экзаменам (продолжается до сих пор), группа «медицина и туризм» — (просуществовала около двух лет), был создан сайт. С 2007 года Малый медицинский факультет стал отдельной лабораторией в Эколого-биологическом центре «Крестовский остров».
С 2008/2009 учебного года все желающие перестают умещаться в учебные группы, и возникает новая форма работы — лекторий по анатомии и медицине, который может дать всем интересующимся устройством человека и медициной возможность с этим познакомиться.
Параллельно этой основной линии были попытки наладить сотрудничество со специализированными школами. На настоящий момент на базе ЭБЦ «Крестовский остров» действуют химико-биологические классы Академической гимназии №56 и гимназии №92, но уже без участия ММФ.
СВ был яркой личностью, шутил, тонко иронизировал, ломал стереотипы. Он мог прийти на занятие в килте, мог настоять на том, чтобы на ужин в походе были поданы покрашенные в зелёный цвет макароны. Не всем такой стиль подходил, не все оставались с ним, но оставались преданные друзья. И что совершенно точно – он очень любил детей. Он очень много работал, горел работой, болел работой, во Дворце он просто жил.
15-летие ММФ в феврале 2012 года было отмечено учащимися, выпускниками и друзьями ММФ уже без СВ. Он ушёл из жизни 29 октября 2011 года в 44 года, до последних дней не прерывая работу со школьниками.
С 2011 года руководителем ММФ стала выпускница СВ (1-ый выпуск!) Сабельникова Марина Юрьевна.
В 2013 году педагоги ММФ — выпускницы и последователи школы СВ – Кутина Анна Вячеславовна и Сабельникова Марина Юрьевна в составе группы авторов стали лауреатами конкурса инновационных продуктов «Петербургская школа 2020».
Традиции ММФ поддерживаются, в то же время ведётся новая работа: расширяется экскурсионная деятельность, проводятся тренинги по первой помощи, регулярным становится участие учащихся ММФ в эколого-биологической смене в загородном центре «Зеркальный» (лагерь Дворца).
В 2016 году состав педагогов расширился и обновился, в том числе пришли трое выпускников; пополнение кадрового состава продолжается и поныне.
В 2017 году были полностью обновлены образовательные программы ММФ; в 2018 начата реализация новой образовательной программы «Медицинская биология».