Изменения названия мероприятия освещены на главной странице олимпиады.
С 1998 по 2005 год олимпиада проводилась для школьников 10 и 11 классов, причём в первый год проведения 10- и 11-классники соревновались в общем конкурсе, затем параллели были разделены. На тот момент в олимпиаде было два этапа – письменный и устно-практический, а участники направлялись на олимпиаду по заявкам от школ. С 2006 года к участию начали приглашаться и школьники 9 класса. В этом же году была отменена предварительная регистрация по заявкам от школ, участие в олимпиаде стало свободным, а для экономии ресурсов организаторов при печати объёмных заданий и проверке большого количества работ письменного этапа был введён отборочный этап (задания в письменной форме, но в гораздо меньшем количестве, чем на письменном этапе, и в простой тестовой форме; по его результатам отсеивалась часть участников, а другая направлялась на письменный этап). С 2009 года круг участников расширился за счёт включения школьников 8 класса, которые на том этапе существования олимпиады соревновались единой параллелью с 9-классниками.
В 2008–2011 годах по предложению медицинского факультета СПбГУ была осуществлена попытка взаимодействия медико-биологической олимпиады и Олимпиады СПбГУ по медицине. Так, в 2008 и 2009 годах участники 11 класса Санкт-Петербурга, отобранные по результатам письменного этапа, становились одновременно участниками Олимпиады СПбГУ и выполняли задание в письменной форме наравне с участниками из других регионов. В 2010–2011 годах отборочный и письменный этапы медико-биологической олимпиады для 11-классников проводились в СПб и других регионах, и считались Олимпиадой СПбГУ. С появлением и развитием в 2010–2011 годах системы олимпиад школьников, проводимых под эгидой Российского совета олимпиад школьников (дающих существенные льготы при поступлении в вузы), и желанием СПбГУ включить свою олимпиаду в этот перечень, стала очевидной разница целей и принципов Медико-биологической олимпиады и Олимпиады СПбГУ, и мероприятия окончательно разделились.
В 2011 году для устно-практического этапа были разработаны отдельные билеты для 8 и 9 классов (ранее они отвечали на те же вопросы, что и 10- и 11-классники, но не проходили станцию «Общая биология»).
В 2012 году от отборочного этапа решено было отказаться, его функцию по предварительному учёту количества участников стала выполнять дистанционная регистрация. С 2014 года в связи с тем, что лишь очень малому количеству 8-классников удавалось получать призовые места в общем конкурсе с 9 классами, параллели 8 и 9 классов были разделены, и участники стали соревноваться внутри своей параллели. В 2015 году были созданы отдельные билеты устно-практического этапа для 8-классников. В 2017 году концепция устно-практического этапа была существенно переработана с целью обеспечения большей стандартизации оценок ответов, и с тех пор сохраняется в нынешнем виде.